Institucionalmente, la iglesia católica condenó desde temprano la violencia de los grupos alzados en armas e igualmente las violaciones de los DDHH por parte del Estado.
Estas posturas se concretaron en actividades de defensa de los DDHH y denuncias de las violaciones, iniciadas muy temprano en el proceso a través de organizaciones como la Comisión Episcopal de Acción Social (CEAS) y otras.
La CVR ha llegado a la conclusión de que muchas vidas fueron salvadas y muchos otros atropellos fueron impedidos gracias al concurso de estas organizaciones cuyo papel fue demandado y reconocido ampliamente por la población, así como de religiosos y laicos individuales, más allá de orientaciones teológicas o pastorales.
En departamentos como Puno, Cajamarca, Ancash, Ucayali o Amazonas, el papel de sacerdotes, laicos y catequistas contribuyó a fortalecer el tejido social y construir una barrera que debilitó el avance del PCP-SL y el desborde de la denominada guerra sucia.
La CVR rinde homenaje a los cristianos que defendieron la vida durante el tiempo de la violencia política y repudia el asesinato de sacerdotes y religiosas en cumplimientos de su misión, sobre todo entre los sectores más desfavorecidos del campo y la ciudad.
142. La CVR ha encontrado, sin embargo, que la defensa de los derechos humanos no fue firme en el arzobispado de Ayacucho durante la mayor parte del conflicto armado.
Durante buena parte del conflicto dicho arzobispado puso obstáculos a la labor de organizaciones de la Iglesia vinculadas al tema, a la vez que negaba violaciones de los derechos humanos. La Comisión deplora que algunas autoridades eclesiásticas de Ayacucho, Huancavelica y Abancay no hayan cumplido con su compromiso pastoral.
143. La CVR ha concluido que las iglesias evangélicas cumplieron también un valioso papel de protección de los derechos humanos, principalmente a partir de sus instancias de coordinación nacional.
Reconoce, asimismo, el valor de los pastores que cumplieron esa labor de defensa de la vida y denuncia de la violencia con peligro para ellos, muchas veces en zonas periféricas de las grandes ciudades y en zonas rurales muy apartadas.
Constata también que un número significativo de campesinos evangélicos participaron en comités de autodefensa que enfrentaron a la subversión. Sin embargo, lamenta que algunas comunidades evangélicas no se hayan hecho eco de la defensa de los derechos humanos.
144. La CVR rinde homenaje a sacerdotes, religiosos y religiosas, fieles católicos y evangélicos que pagaron con su vida su labor pastoral durante el conflicto armado interno.