En el primer caso, el poder judicial se ganó la imagen de una ineficiente “coladera” que liberaba a culpables y condenaba a inocentes; en el segundo caso, sus agentes incumplieron el rol de garante de los derechos de los detenidos, coadyuvando a la comisión de graves violaciones a los derechos a la vida y la integridad física; por último, se abstuvieron de llevar a la justicia a miembros de las fuerzas armadas acusados de graves delitos, fallando sistemáticamente cada contienda de competencia a favor del fuero militar, donde las situaciones quedaban en la impunidad.
124. La CVR debe empero precisar que el Sistema Judicial adolecía de problemas estructurales que determinaban su ineficiencia. Sin embargo, a ello debe sumarse la actuación negligente de algunos operadores de justicia que hicieron mas grave aún la situación estructural en que se desenvolvía la administración de justicia.
125. La CVR deja constancia de que la situación del Perú judicial se agravó luego del golpe de Estado de 1992, cuando a las condiciones mencionadas se sumaron: una clara intromisión en la capacidad de autogobierno a partir de ceses masivos de magistrados, nombramientos provisionales y la creación de órganos de gestión ajenos a la estructura del sistema judicial; además de la inoperancia del Tribunal Constitucional.
126. La CVR deja constancia de la deficiente la legislación que aplicaba el sistema judicial. Entre 1980 y 1992 incidieron fuertemente en esta situación: la tipificación amplia e imprecisa del delito de terrorismo; y la mediatización de la labor del Ministerio Público en la etapa de investigación preliminar, subordinando la labor garantista del fiscal. Luego del golpe de 1992, la situación se agravó debido a que la nueva legislación antiterrorista se caracterizaba por: la sobrecriminalización del terrorismo a través de la flexibilización del concepto y la creación de tipos penales nuevos con los que se procesaba en distintos fueros y se imponían penas distintas por la misma conducta; la falta de proporcionalidad de las penas; la seria limitación de la capacidad de defensa de los detenidos; y la atribución de competencia a los tribunales militares en el juzgamiento de los delitos de traición a la patria.
127. La CVR ha constatado que, abdicando de su propia competencia, el Poder Judicial, a través de la Corte Suprema cuando los acusados eran miembros de las Fuerzas Armadas, falló en toda ocasión a favor del fuero militar, donde los casos por lo general se sobreseían, se prolongaban innecesariamente o terminaban generando condenas benévolas.
128. Otra conducta que la CVR ha comprobado es que los operadores de justicia incurrieron en falta contra su deber de cautelar por los derechos de los ciudadanos fue la generalizada práctica de declarar improcedentes los recursos de Habeas Corpus. El tribunal de garantías constitucionales –vigente hasta 1991- sistemáticamente evitó llegar a sentencias fundadas. Esta situación contribuyó en no poca medida a que las detenciones arbitrarias culminasen en torturas, ejecuciones arbitrarias y desapariciones forzadas.
129. La CVR considera que la dictadura de Alberto Fujimori pretendió legalizar de forma espuria la impunidad a las violaciones de los derechos humanos realizadas por agentes del Estado, logrando que el Congreso Constituyente Democrático aprobase por mayoría dos leyes de amnistía que vulneraban disposiciones constitucionales y tratados internacionales soberanamente ratificados por el Perú. Salvo una honrosa excepción, que inaplicó la norma por vulnerar disposiciones constitucionales y tratados internacionales , los jueces renunciaron a su facultad de aplicar el control difuso de la constitucionalidad de las leyes.
130. La CVR ha constatado que el resultado de la aplicación estricta y acrítica de la legislación antiterrorista de 1992 permitió que en el procesamiento de detenidos no se garantizara la imparcialidad ni la exactitud de los juicios. No solamente cientos de personas inocentes tuvieron que sufrir largas condenas, sino que la violación de las garantías de debido proceso arrojó una severa sombra de duda sobre los procesos realizados. El descrédito sufrido por el sistema judicial peruano aplicando las leyes dictadas por el régimen fujimorista, sólo resultaría en un favor a los verdaderos subversivos cuando, años después, el Estado tuviera que realizar nuevos juicios a partir de pruebas escasas. De otro lado, los sentenciados por terrorismo sufrieron y condiciones de carcelería vejatorias de la dignidad humana, que no conducían en absoluto a su rehabilitación. La situación carcelaria, en efecto, poco atendida por los jueces de ejecución penal, dio lugar a motines y masacres en 1985, 1986 y 1992.
131. La CVR debe indicar que el Ministerio Público -salvo honrosas excepciones- abdicó a la función de controlar el estricto respeto a los derechos humanos que debía observarse en las detenciones y se mostró insensible a los pedidos de los familiares de las víctimas. Por el contrario, se omitió el deber de denunciar crímenes, se investigó sin energía, se realizaron muy deficientes trabajos forenses, lo que coadyuvó a la situación de descontrol e impunidad. Bajo la dictadura fujimorista, la obsecuencia del Ministerio Público ante los imperativos del poder ejecutivo fue total.
