Ese cambio de régimen tiene una incidencia directa sobre las responsabilidades de las máximas autoridades del Estado en torno a las violaciones a los derechos humanos, pues la centralización del poder incide en la relación más directa en principio entre el Presidente de la República y los grupos que operan encubiertos por el poder para perpetrar esas violaciones.
69. La CVR considera que, dado el desarrollo de los hechos, marcado por la creciente violencia del PCP-SL, era inevitable que el Estado utilizara sus fuerzas armadas para hacerle frente y recurriera a declarar estados de emergencia, que eran una posibilidad considerada por la Constitución vigente para afrontar situaciones de grave riesgo.
La CVR deplora, sin embargo, que los gobiernos que así lo decidieron, no tomasen las previsiones para impedir los atropellos a los derechos fundamentales de la población, atropellos posibles de acuerdo con el tipo de intervención que es propio de los cuerpos militares, mucho más cuando voceros calificados de ellos advirtieron públicamente sobre la alta probabilidad de una represión indiscriminada.
70. La CVR es consciente que todo este actuar de los Gobiernos estaba condicionado, tanto en su debilidad como en su improvisación, por las fallas profundas del Estado:
-Su insuficiente cobertura territorial y densidad institucional;
-Su falta de preparación para enfrentar un conflicto de esas características;
-La desconfianza que le provocaban significativos sectores de sus propios ciudadanos y;
-Una creciente incapacidad para someterse a los marcos constitucionales y legales de los que acababa de dotarse el país a través de la Constitución de 1979.
71. La CVR debe rendir por eso su homenaje a los dirigentes y militantes de los partidos políticos democráticos, que ofrendaron su vida o sufrieron maltrato por cumplir con honestidad con sus deberes públicos. Nos referimos tanto a los militantes y familiares de los partidos que gobernaron, así como a los que tuvieron responsabilidad parlamentaria o en las regiones y municipios.
Debe destacarse especialmente a las autoridades locales de los lugares más afectados por la violencia, que mantuvieron la presencia del Estado peruano muchas veces a costa del máximo sacrificio. Ellos deben ser un ejemplo para todos en esta nueva etapa de búsqueda de democracia.
72. La CVR debe constatar, al mismo tiempo, una muy grave responsabilidad de los gobiernos de esos años, así como de los partidos que tuvieron representación en el Parlamento, los gobiernos locales y, entre 1989 y 1991, los gobiernos regionales. En los primeros doce años del conflicto, la Policía y las Fuerzas Armadas se hicieron cargo del combate a la subversión a partir de instrumentos legales aprobados por gobiernos civiles y dentro del marco de una legislación antiterrorista promulgada por un Congreso elegido democráticamente.
73. .La CVR ha recogido amplia evidencia de cómo en el combate a los grupos subversivos se cometieron gravísimas y masivas violaciones a los derechos humanos, lo que afecta en primer lugar a los gobiernos, que eran los responsables del conjunto de la acción del Poder Ejecutivo, del cual dependen las fuerzas del orden. Además de ello, los gobiernos civiles electos incurrieron en la más grave responsabilidad al desatender las denuncias de violaciones de derechos humanos o, en muchos casos, al garantizar la impunidad para los responsables de las mismas.
74. La CVR encuentra que el primer punto de inflexión institucional en la abdicación de la responsabilidad democrática por parte de los gobiernos con la creación por dispositivo legal de los Comandos Político Militares. Ellos subordinaron en la práctica al poder civil en las zonas declaradas en estado de emergencia, pues ellos terminaron asumiendo no sólo la conducción militar sino también política de la lucha contrasubversiva .
75. La CVR constata que la ley colocaba a militares y policías que actuaban en provincias declaradas en estado de emergencia bajo la competencia de la justicia militar, lo que favoreció la impunidad de los agentes del Estado responsables de violaciones a los derechos humanos. Del mismo modo el carácter permanente de una situación de excepción en cada vez más provincias, debilitó la democracia y creó un clima propicio para las violaciones a los derechos humanos, así como un sentido común de la población y las autoridades civiles de esas zonas, de que el poder reposaba en la autoridad militar.
76. La CVR considera que la abdicación de la autoridad democrática culminó con la legislación antisubversiva aprobada después del golpe de abril de 1992.
De acuerdo a ella, los jefes de los CPM no sólo coordinaban y supervisaban sino conducían las acciones en los campos no-militares. Ese paquete legislativo cambió el Sistema de Defensa Nacional, la ley del Servicio de Inteligencia Nacional y la ley de situación militar. Esta última permitió que los comandantes generales de las FF.AA. permanecieran en sus cargos aún después de su fecha de retiro.
La nueva legislación incluía además penas y procedimientos que violaban las garantías del debido proceso, así como la Constitución y tratados internacionales de los cuales el Perú era firmante: penas mínimas desproporcionadas, nuevas figuras legales como terrorismo agravado y traición a la patria, tribunales y jueces sin rostro, entre otros. Este nuevo marco legal fue uno de los pilares del régimen surgido a partir del golpe de Estado de abril de 1992.