54. La CVR ha encontrado que las FFAA aplicaron una estrategia que en un primer periodo fue de represión indiscriminada contra la población considerada sospechosa de pertenecer a PCP-SL. En un segundo período, esa estrategia se hizo más selectiva, aunque continuó posibilitando numerosas violaciones de derechos humanos.

55. La CVR afirma que en ciertos lugares y momentos del conflicto la actuación de miembros de las FFAA no sólo involucró algunos excesos individuales de oficiales o personal de tropa, sino también prácticas generalizadas y/o sistemáticas de violaciones de los derechos humanos, que constituyen crímenes de lesa humanidad así como transgresiones de normas del Derecho Internacional Humanitario.

56. La CVR concluye que, en este marco, los Comandos Político-Militares (CPM), erigidos en autoridad estatal máxima de las zonas de emergencia, pueden tener la responsabilidad primaria por estos crímenes. El Poder Judicial debe establecer el grado exacto de responsabilidad penal de quienes ejercieron los CPM, ya sea por haber ordenado, incitado, facilitado o encubierto estos hechos, o bien por haber omitido el deber fundamental de ponerles coto.

57. La CVR ha constatado que las violaciones más graves a los derechos humanos por parte de agentes militares fueron: ejecuciones extrajudiciales, desaparición forzada de personas, torturas, tratos crueles, inhumanos o degradantes. Entre estos, la CVR condena particularmente la práctica extendida de violencia sexual contra la mujer. Todos estos actos constituyen una deshonra para quienes fueron sus perpetradores directos y para quienes, en su condición de superiores jerárquicos, los instigaron, permitieron o encubrieron con mecanismos de impunidad.

58. La CVR señala que al momento de su intervención en la lucha contra la subversión, las FFAA tenían preparación y equipamiento para enfrentar un eventual conflicto convencional (conflicto externo). Durante los primeros años de su intervención (1983-85), carecieron de adecuado trabajo de inteligencia sobre la organización, el perfil de los militantes y la estrategia del PCP-SL. Por decisión de la autoridad civil, su objetivo fue terminar rápidamente el conflicto, sin tomar en cuenta el costo en vidas humanas. Se plantearon recuperar el dominio territorial, suponiendo que la población se dividía entre poblados leales al Estado peruano y poblados subversivos o zonas rojas, sin advertir que estas últimas no eran homogéneas y contenían por lo general sectores sobre los cuales el PCP-SL se imponía por la coacción e incluso el terror.

59. Para la CVR, aunque la intervención militar golpeó duramente la organización y la capacidad operativa de PCP-SL, produjo también una secuela de violaciones masivas de los derechos humanos y convirtió al bienio 1983-84 en el más letal del conflicto fundamentalmente en Ayacucho. Peor aún, la estrategia resultó contraproducente, pues la represión indiscriminada en las zonas rurales postergó la ruptura entre PCP-SL y los sectores más pobres del campesinado, y no evitó la expansión de las acciones armadas a otras zonas del país.

60. La CVR señala que, en agosto de 1989, las FFAA aprobaron la sistematización de una estrategia contrasubversiva. La nueva estrategia distinguía en los teatros de operaciones poblaciones amigas, neutrales y enemigas, y no tenía como objetivo principal el control territorial sino la eliminación de las OPA (Organizaciones Político-Administrativas) o comités populares senderistas; ganar a la población y aislar a la fuerza militar del PCP-SL. La estrategia produjo resultados decisivos, como alentar la reacción del campesinado contra el poder senderista y la masificación de los Comités de Autodefensa, que cambiaron las relaciones entre FFAA y campesinado.

61. La CVR constata que en esta etapa las violaciones de derechos humanos fueron menos numerosas, pero más deliberadas o planificadas que en la etapa anterior. Aparecieron, además, escuadrones de la muerte cuya actividad llevó a que el Perú ocupara en esos años el primer lugar en el mundo en desapariciones forzadas de personas.

62. CVR señala que la nueva estrategia fue aprovechada por un grupo de oficiales que, a su vez, diseñó planes para una posible interrupción castrense del proceso político. Parte de esos planes autoritarios serían retomados posteriormente para el golpe de 1992. Dichos proyectos antidemocráticos expusieron a las FFAA a dos grandes trastornos institucionales: a) el uso de un modelo de política contrasubversiva y la imagen de una fuerza armada victoriosa para justificar el golpe de Estado de 1992, y b) una tregua con el narcotráfico al definir al PCP-SL como enemigo principal, que debía ser aislado del campesinado cocalero. En algunos casos, y sobre todo a partir del ascenso de Vladimiro Montesinos, esa tregua se convirtió en alianza.

63. La CVR concluye que la captura de Abimael Guzmán y la desarticulación del PCP-SL y el MRTA no lograron evitar que la ética, el prestigio e incluso el bienestar y la eficiencia de las FFAA quedaran seriamente mellados por una cúpula que unió su suerte al gobierno dictatorial. Este proceso de descomposición estuvo caracterizado por la actividad del Grupo Colina, la persecución de oficiales disidentes, así como la organización de un sistema de corrupción, chantaje y espionaje político dentro de las propias FFAA bajo la dirección de Vladimiro Montesinos.